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A Seção de Obras Raras da Biblioteca de Ciências Biomédicas da Fundação Oswaldo Cruz constitui-se como valiosa fonte de informação para pesquisadores das mais diferentes áreas. Em sua coleção, iniciada por Oswaldo Cruz, encontram-se periódicos científicos, monografias, livros, teses, entre outros materiais de grande valor histórico. O objeto desta pesquisa são as teses de doutoramento produzidas pelos alunos da Faculdade de Medicina da Bahia entre 1853 e 1935, localizadas no acervo da Seção de Obras Raras, material ainda inacessível para a comunidade acadêmica. Desse modo, tem-se como objetivo dar visibilidade àquele conhecimento científico, contextualizando as questões de história, saúde e ciência do Brasil daquele período, realizando para tanto um estudo dos temas sobre os quais os formandos da Faculdade de Medicina da Bahia se debruçavam. A fim de classificar os temas das teses, foi construída uma base de dados em Excel, contendo nome do autor, título, ano de defesa e cadeira. Para a classificação das teses utilizou-se a tabela de áreas de conhecimento da Capes e o vocabulário estruturado DeCS – Descritores em Ciências da Saúde –, uma vez que a tabela da Capes não contemplava todos os assuntos tratados nos estudos. Os principais temas abordados nas teses foram Doenças Infecciosas e Parasitárias; Ginecologia e Obstetrícia; Clínica Médica; e Saúde Pública. Conclui-se que os problemas de saúde pública existentes em Salvador entre meados do século XIX e as três primeiras décadas do século XX refletiam-se nos estudos realizados por parte dos formandos da Faculdade de Medicina da Bahia.