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O presente artigo busca apresentar as opções metodológicas definidas para coleta de dados no Portal de Periódicos da Universidade Federal de Santa Catarina, presentes em um modelo proposto para análise de presença digital em portais de periódicos. A proposta baseia-se na coleta de dados como etapas para assegurar o cruzamento de dados e o diagnóstico do Portal estudado. Trata-se de uma pesquisa aplicada, com abordagem qualitativa, sendo exploratória e descritiva. A coleta de dados ocorreu em duas etapas, sendo a primeira a identificação da presença digital própria do Portal, seguida da identificação da presença digital espontânea. A análise apresenta a proposta de coleta de dados com sua descrição e utiliza para contextualização a literatura da área, bem como documentos do Portal. A pesquisa resultou na criação de uma proposta metodológica para análise da presença digital de portais de periódicos, que pode ser utilizada por outras instituições.