Pesquisa que apresenta resultados sobre a forma como se dá a organização da informação no Portal Institucional da Biblioteca Virtual em Saúde (BVS) da Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) à luz da arquitetura da informação (AI), com ênfase no sistema de organização e a sua vertente Perspectiva das Dificuldades. Fundamenta a presente pesquisa apresentando um breve histórico da FIOCRUZ, com enfoque em sua produção científica, até o lançamento do portal institucional no ano de 2007, bem como a estruturação de websites a partir da AI, neste caso, com enfoque no sistema de organização. Objetiva-se investigar a BVS FIOCRUZ à luz da AI. Adota, como percurso metodológico, as pesquisas aplicada e bibliográfica, abordagens de coleta de dados quantitativa e qualitativa, realizada nos meses de maio e junho do corrente ano, além do campo de estudo constituído pela BVS FIOCRUZ. Resulta na identificação de um portal (website central) e 12 BV temáticas, a BVS FIOCRUZ possui uma interface de portal, a constatação de que o ambiente teve a sua criação centrada no usuário que tenha noções sobre o conhecimento em saúde, as BV não apresentam uma espécie de interface padrão e deflagra as seguintes ocorrências na Perspectiva das Dificuldades, do sistema de organização da AI: não existem as dificuldades Ambiguidade e Heterogeneidade, enquanto foi identificada uma adversidade com a Estética e, principalmente, problemas com as Diferenças nas Perspectivas e com as Políticas Internas. Conclui-se que os problemas identificados vão ao encontro da forma como cada BV organiza a informação e estrutura o seu ambiente, valorizando os conteúdos segundo suas peculiaridades (temáticas) ao passo de não adotarem o portal institucional como um website modelo. Acredita-se que assim, os usuários sentem-se perdidos frente aos diferentes designs e pode interferir negativamente na forma de navegar pelo website e buscar o que deseja.